Миссионерский Отдел Екатеринодарской Духовной Семинарии начал свою деятельность в 2010-2011 учебном году по благословению Его Высокопреосвященства Митрополита Екатеринодарского и Кубанского Исидора под руководством штатного клирика кафедрального собора святой Великомученицы Екатерины и преподавателя Общей Церковной Истории иерея Максима Ханова. Данный отдел функционирует по образцу Миссионерского Отдела при Московской Духовной Академии.
Все начиналось с пасхальных и рождественских концертов семинарского хора еще в 2009 году, когда певчие из числа семинаристов имели возможность порадовать преподавателей и учащихся Средней Общеобразовательной Школы №5 города Краснодара песнопениями духовно-нравственного и патриотического содержания. Каждому произведению предшествовал краткий комментарий одного из студентов, который пояснял значение, богословский смыл песнопения. Это побудило руководство МОУ СОШ № 5 проводить в своем учебном заведении не только концерты, но и уроки с участием семинаристов по изучению Основ Православной Культуры, что впоследствии вылилось в решение создать миссионерскую группу. К миссионерской работе в основном привлекаются студенты III-V курсов. На данный момент это послушание несет двенадцать человек.
На занятиях, проводимых с участием студентов семинарии, школьники знакомяться с историей Русской и Вселенской Церкви, с азами православного вероучения и богословских дисциплин, с исторической и культурной ролью Православия в жизни Российского государства. Занятия позволяют школьникам получать дополнительные знания, а семинаристам приобретать навык миссионерской работы. Уроки проводятся во всех классах и часто имеют форму беседы, что способствует укреплению доверия и понимания со стороны детей и подростков к студентам семинарии.
